本发明涉及生物医学技术领域，尤其涉及一种肠道菌群移植配型的数据处理方法、系统、设备及介质，包括：获取供体和受体的待处理菌群数据的近邻点，再根据近邻点和约束条件获得数据的重构权重矩阵，最后利用重构权重矩阵获得降维后的菌群数据，降维过程简单，解决了现有的肠道菌群移植配型方法在进行肠道菌群移植时，不仅计算效率低下，而且通常采用线性降维方法对数据进行降维，此方式无法建模原始菌群数据中复杂的非线性关系的问题。本发明通过无监督的非线性降维方法保持了原始菌群数据局部的线性特征，不仅降低了计算复杂度，提高了后续菌群匹配效率，而且无需标签数据，降低了成本。