本发明公开基于多目标优化的配煤掺烧方法，该方法包括如下步骤：S1：根据煤样的工业分析结果，通过线性加权的方法计算煤质参数，以安全极限和环保极限为约束条件，以安全性、经济性和环保性为优化目标建立基于多目标优化的配煤数学模型；S2：根据步骤S1建立的基于多目标优化的配煤数学模型优化计算配煤的最佳比例；S3：实施自动配煤掺烧。本发明在安全、经济和环保的多目标要求下，综合机组实际负荷、锅炉燃烧工况和煤场存煤情况，优化计算入炉配煤的掺配比例，根据掺配比例自动调整各给煤机控制煤种比例，实现自动配煤掺烧。