本发明公开了一种利用微生物肥料改良盐碱土壤的方法，包括以下步骤：S1、取以下重量份的原料：有机质25‑35份、腐殖质20‑30份、微生物菌剂1‑3份、微量元素4‑9份、淀粉酶2‑6份、生长素2‑6份、氨基酸4‑9份、表面活化剂2‑6份和水10‑20份，混合并搅拌均匀，获得微生物肥料；S2、将制得的微生物肥料与盐碱土壤混合，搅拌均匀，获得改良混合土壤；S3、在改良混合土壤表面敷设单向渗水地膜，并发酵腐熟；S4、发酵腐熟5‑10天后揭膜，翻耕改良混合土壤；S5、继续发酵腐熟25‑30天后，改良混合土壤揭膜通风1‑3天。本发明相较于现有技术，有效解决盐碱地的土壤含盐量高、肥力缺失、土壤结构板结、透水性差等问题，便于原土栽植宿根花卉。