本发明提供一种基于直接信号卷积的线路短路故障定位方法及系统，方法包括：将不同短路支路上的暂态信号与故障产生的暂态信号进行卷积处理，得到不同短路支路上对应的卷积信号；根据不同短路支路上对应的卷积信号分别计算不同短路支路上对应的卷积信号能量；从不同短路支路上对应的卷积信号能量中获取卷积信号能量最大值，卷积信号能量最大值对应的短路支路位置即真实故障定位位置，将卷积信号能量最大值对应的短路支路位置作为真实故障定位位置输出。方法适用于拓扑结构不同的网络；故障定位过程无需对故障产生的暂态信号进行时域反演；只需使用EMTP软件进行一次仿真计算，通过硬件系统即可实现线路短路故障定位。