本发明公开了一种利用固定光合细菌菌群处理水产养殖尾水的方法，该方法包括：采用固定有光合细菌菌群的球粒处理水产养殖尾水，其中固定有光合细菌菌群的球粒是以壳聚糖‑海藻酸钠复合物为载体，载体内部包埋有红假单胞菌、脱硫弧菌、蛋白质菌和拟杆菌。本发明中，将固定有光合细菌菌群的球粒投入水产养殖尾水中，利用红假单胞菌、脱硫弧菌、蛋白质菌和拟杆菌的协同作用，以及包埋材料的吸附作用，共同净化水产养殖尾水中的包括氨氮、磷及污损生物在内的有机污染物，由此实现对水产养殖废水的有效处理，具有工艺简单、操作方便、成本低廉、处理效率高、处理效果好、绿色环保等优点，可广泛处理水产养殖尾水，使用价值高，应用前景好。