本发明公开了一种滑轨的工装系统及其控制方法，所述工装系统包括控制机构和多个动作机构；所述多个动作机构包括：将内轨组件自内轨组件上料位带动到内轨组件装配位的内轨组件上料机构、将外轨自外轨上料位带动到外轨装配位的外轨上料机构、夹持内轨组件并带动内轨组件滑装入外轨及在外轨中往复滑动的组装磨合机构、检测滑轨滑动力的检测机构、夹持滑轨并带动滑轨到合格品存放位或不合格品存放位的下料分拣机构；各动作机构由控制机构自动协调上料、组装、磨合、检测、下料、分拣等工序，而不需要人工协调，而且，分拣操作由控制机构控制下料分拣机构自动完成，而不需要人工分拣，提升了滑轨生产的自动化程度，能适应快节奏的生产节拍。