本发明属于数据处理技术领域，提供了一种抑制靶标蛋白生物活性的药物化合物分子预测方法及系统。其中，该方法包括获取抗癌候选药物的分子描述符；按照对靶标生物活性相关性，从抗癌候选药物的分子描述符中筛选出设定数量的关键分子描述符；将关键分子描述符进行编码，并转换为相应向量表示；基于预先构建的关键分子描述符特征和靶标生物活性之间的关系模型以及关键分子描述符向量表示，得到最大拮抗靶标生物活性的候选药物抗癌分子。