本发明公开了一种藻菌共生反硝化生物滤器的构建方法及应用，涉及海水养殖尾水处理技术领域。构建方法为：将海水养殖尾水通入含有填料的滤器中进行循环，实现自然挂膜，然后调整海水养殖尾水的碱度至海水螺旋藻生长的适宜碱度，作为其生长水体，并在滤器中加入海水螺旋藻，保持光照，待滤器内壁生长出藻菌生物被膜后，完成藻菌共生反硝化生物滤器的初步构建；在不短于15d的时间内，逐步降低所述海水养殖尾水的碳源含量，并逐步缩减水力停留时间，最终保持C/N为1/1，水力停留时间为2h，完成反硝化生物滤器的构建。本发明在大幅减少有机碳源投加以降低运行成本的同时，兼顾高效除磷，可在短时间内快速实现海水养殖尾水的达标排放。