本发明提供了一种基于碰撞保护区的空域碰撞风险评估方法，包括：构建航班计划模型及风险空域单元模型；对风险空域单元进行识别，在各航班均严格按计划执行飞行任务前提下，采用双指数分布建立航空器定位误差模型，分别计算航空器高度及水平位置定位误差，进一步得出航空器实际位置；根据航空器纵向、横向、高度安全间隔要求建立航空器碰撞保护区；依次对存在碰撞风险的空域单元的风险强度进行量化，完成空域碰撞风险评估。该方法以航班计划为数据基础，充分考虑了航空器定位性能限制、管制间隔要求，实现了空域碰撞风险值的客观量化，可为航班计划制定，空域结构规划，风险空域识别提供依据。