本申请提供一种氢燃料电池发动机加热氢气的系统和方法，控制器用于接收空气压缩机出口处的第一空气温度，和，接收增湿器湿侧出口处的第二空气温度；第一支路第一端与空气压缩机连接，且流经增湿器湿侧；第一支路的第二端连接氢气换热器；第二支路的第一端与空气压缩机连接；第二支路的第二端连接氢气换热器；控制器连接第一支路和第二支路；用于在当第一空气温度小于或等于第二空气温度时，开启第一支路且关闭第二支路；在第一空气温度大于第二空气温度时，开启第二支路且关闭第一支路。即利用发动机运行过程中产生的高温空气通过氢气换热器为氢气加热，无需额外的加热设备，有效利用发动机余热，提高发动机效率，降低发动机整体功耗，节约成本。