本发明提供了一种光固化抗菌二氧化硅涂层的制备方法及其应用，包括如下步骤：将二氧化硅加入硅烷偶联剂混合液中，经超声振动、抽滤、洗涤后，再加入到8wt％‑12wt％的聚六亚甲基胍盐酸盐的水溶液中反应，得到抗菌二氧化硅；将得到的抗菌二氧化硅加入到乙醇分散液中，并向其中加入含巯基的硅烷偶联剂，加热反应后，得到光敏抗菌二氧化硅；将得到的光敏抗菌二氧化硅与脂肪族聚氨酯丙烯酸酯、二缩三丙二醇二丙烯酯及光起始剂进行高速搅拌混合，经光照得到光固化抗菌二氧化硅涂层。本发明通过控制介孔二氧化硅上偶联的抗菌成分的含量，从而控制介孔二氧化硅上剩余的反应位点及位阻，使制备的光固化抗菌二氧化硅涂层的抗菌性强，损失率低。