本发明公开了一种多扇区监控席位的动态配置方法及系统，构建扇区复杂性评价体系，快速计算扇区复杂性；建立扇区复杂性与指挥管制员和监控管制员工作负荷的对应关系；建立扇区运行效能指标体系和预设阈值；根据航空器航迹和飞行计划数据推演未来各扇区和扇区组合的航空器流量；得到预测的各扇区和扇区组合的指挥管制员和监控管制员工作负荷；综合安全和效率的目标，制定未来时段的岗位模式运行方案；计算扇区运行效能指标体系的单位时间内通话总时长或通话总次数和扇区运行效能指标体系的单位时间内冲突航空器数量；预设安全阈值，为多监控席位的监控管制员显示实时的扇区运行状态。本发明能动态调节岗位模式，科学权衡安全和效率的关系。