本发明公开了一种燃料车浸水保护方法、装置、系统及车辆，所述方法应用于包含水浸传感器以及开关器件的浸水保护系统中，水浸传感器以及开关器件均与车辆的燃料电池系统控制器连接，水浸传感器用于监测车辆的浸水信号，开关器件设置在车辆燃料电池的空气进气管道中，用于控制燃料电池的空气流入，该方法包括：获取水浸传感器采集的浸水信号以及进入燃料电池的空气流量值；若基于浸水信号确定车辆存在浸水风险，则判断空气流量值是否异常；若是，则控制车辆的燃料电池系统以及空气压缩机关闭，并控制开关器件截止，以停止向燃料电池通入空气。该方法能够对车辆的燃料电池系统提前进行相关保护，从而有效地避免车辆内部器件因水浸而发生损坏。