本发明提供一种大型工件上异形深孔加工方法，包括如下步骤：S1、阶梯大孔的加工：对待加工的工件外圆进行减震防护，采用不同直径的钻头，按照钻头直径从小到大依次进行钻削、扩孔和铰削；S2、锥面的加工：锥面位于阶梯大孔的底部，采用带有铜套导向的锥面刀具进行锥面的加工，刀具铜套与内孔直径存在一定间隙；S3、阶梯小孔的加工：阶梯小孔位于深孔的孔底，与阶梯大孔及锥面位于同一轴线上，采用带铜套导向的钻削刀具进行阶梯小孔的加工，之后采用带有铜套的铰削刀具进行手工铰削，直至完成加工。本发明通过对三个部分依次加工，先减震防护后利用加长杆的各种切削工具，采用机械及手动相结合的方式对深孔进行加工，加工过程稳定，深孔尺寸精细。