本发明公开了一种海洋高分子微球的微流控制备方法及其应用，包括如下步骤：(1)以海洋高分子溶液为内相液体，以有机溶剂作为外相液体，将内相液体和外相液体同时通入到微流控装置中，在外相液体的强剪切作用下，内相液体在毛细管出口形成独立微液滴；(2)上述独立微液滴在外相液体的携带下进入接受液中，逐渐固化析出并凝聚，再经过熟化，即得到稳定的所述海洋高分子微球。本发明采用无乳化剂、无有机交联剂的微流控法制备海洋高分子微球，避免了乳化剂、有机交联剂的毒性、有害性，也避免了繁琐的乳化剂和未反有机应交联剂的洗脱、由此产生的废水排放以及残留等问题。