一种肛肠手术辅助系统和方法，包括：手术对象三维建模单元、顶点伸缩系数计算单元、临界部分计算单元和打洞区域预判单元；在三维模型上根据瘘管的位置，以及瘘管自身的伸缩系数，选择瘘管收缩小于第二阈值的区域，为挂线的第一打洞区域；根据第一打洞区域，垂直映射到齿状线上沿打洞部分，所述齿状线上沿打洞部分去除临界部分长度的区域中，选择伸缩系数小于第二阈值的区域为第二打洞区域；将第一打洞区域和第二打洞区域，在三维模型上标记显示。本发明的肛肠手术辅助系统和方法，通过三维模型展现推荐的打洞区域，以及挂线的推荐长度，方便了操作者对手术的预估，增加手术的愈合率，减少手术后的痛苦。