本发明涉及水质监测领域，提供一种水质监测数据质量控制方法及系统，包括：S1：获取初始水质监测数据，对所述初始水质监测数据进行数据清洗，获得水质数据集；S2：通过多元高斯分布异常数据监测方法计算所述水质数据集的联合概率密度函数，通过所述联合概率密度函数对所述水质数据集进行第一次异常数据筛选，获得第一次筛选后的水质数据集；S3：将所述第一次筛选后的水质数据集通过基于密度的聚类分析进行第二次异常数据筛选，获得第二次筛选后的水质数据集，将所述第二次筛选后的水质数据集作为最终水质监测结果。本发明在减少传统异常数据监测工作量的同时，可以较好的挖掘出具有统计意义的水质异常数据，可有效增加水质监测数据质量控制的合理性。