本发明提供一种水下鱼类自动筛选系统，包括：浮筒；鱼框组件，所述鱼框包括圆筒状的固定框和转动框，所述转动框套接在固定框内侧，通过转动框与固定框转动配合从而生成唯一的出鱼通路，所述出鱼通路指向与当前鱼体分类对应的独立空间；鱼类驱赶装置，所述鱼类驱赶装置固定连接于所述转动框的底部，且用于通过所述转动框上的栅格结构向所述转动框内部的鱼体施加定向的驱赶动作；以及控制系统。本发明结构设计合理、使用可靠，特别是能在不离开水的情况下，进行养殖活体鱼分级管理，不仅减轻工作人员的劳动强度，而且显著提高渔业装备机械化水平。