本发明提供一种河流生态系统中鱼类功能指示物种的筛选方法，涉及河流生态系统技术领域。该河流生态系统中鱼类功能指示物种的筛选方法，包括以下步骤：步骤一：在河流生态系统中确定采样区域，对采样区域的鱼类生物进行采集并鉴定；步骤二：对确定采样的区域进行区域分组，依次分为第一物种区域、第二物种区域、第三物种区域和试验物种区域；步骤三：分别对第一物种区域、第二物种区域和第三物种区域内的物种根据指标值进行筛选。通过对指标值过大或过小的鱼类进行再次筛选，一方面可避免由于鱼类的相互影响和竞争进而造成指标值异常现象的发生，另一方面，可扩大指示物种的取用类型，提高不同物种对环境进行监测的广泛性，提高监测的多样性。