本发明提供一种基于深度学习的指纹图像识别比对方法、装置和电子设备，方法包括：获取第一指纹图像、第二指纹图像和多个待比对指纹图像；根据第一指纹图像生成指纹分类类别；根据第二指纹图像和指纹分类类别训练第一神经网络，得到第一网络模型；根据第二指纹图像、指纹分类类别和第一网络模型训练第二神经网络，得到第二网络模型；根据多个待比对指纹图像和第二网络模型，得到至少一个图像相似度，图像相似度用于表示两个待比对指纹图像的相似度。通过指纹图像生成指纹分类类别，应用指纹分类类别和不同神经网络结构训练神经网络模型，应用训练好的神经网络模型对待比对指纹图像进行图像识别比对，实现提高指纹图像的识别性能的效果。