本发明提供了一种企业管理信息系统集成系统，包括：内部管理模块，用于对企业员工信息进行采集建档，并记录企业员工的考勤信息，生成考勤报告发送至财务管理模块；业务管理模块，用于管理所述企业的客户信息以及项目信息，并在预设时间根据项目完成情况生成项目进度报告；财务管理模块，用于根据所述考勤信息以及所述项目进度报告对所述目标员工薪资进行发放，同时，对所述企业的全部收支账目进行管理；安全隔离模块，用于在检测到企业员工访问所述企业管理信息系统时，根据所述企业员工权限开放相应的允许访问信息。本发明将企业信息进行集中管理，实现了管理系统的精简，同时，使得部门内部的信息共享，提高业务完成率，加快项目完成进度。