本发明公开了一种高精度异形孔加工方法，属于异形孔加工的技术领域，本发明在异形初孔的内部两侧设置平行的基准直边，以基准直边为加工基准对异形初孔设置初加工单边余量，然后进行初加工得到异形初加工孔；以基准直边为加工基准对异形初加工孔设置半精加工单边余量，然后进行半精加工得到异形半精加工孔；以两侧的基准直边之间的间距中线为基准测量异形半精加工孔的孔径精加工误差，根据孔径精加工误差与公差要求的大小关系确定终孔直径，根据终孔直径对异形半精加工孔进行精加工至孔径达标；本发明具有不用更换刀具即可完成对异形孔的初加工、半精加工、精加工，保证整个加工过程中的加工稳定性，进而保证最终异形孔的成型精度。