本发明提供一种传染病防控处理方法和系统，方法包括：智能终端按照预设时间间隔获取定位信息，根据定位信息生成机主用户的时空轨迹信息，将时空轨迹信息保存于智能终端中；获取大数据平台公布的同一城市中的确诊患者的时空轨迹信息；根据机主用户的时空轨迹信息和确诊患者的时空轨迹信息，确定机主用户是否为确诊患者的密切接触者；智能终端在确定机主用户为确诊患者的密切接触者时，将机主用户对应的风险等级标记为一级密切接触者，提醒机主用户，将机主用户对应的风险等级和对应的时空轨迹信息发送至大数据平台；智能终端在确定机主用户为非一级密切接触者时，响应于机主用户触发的轨迹上传操作后，将机主用户的时空轨迹信息发送至大数据平台。