本发明公开了一种蓝藻高压防控系统及其防控方法、应用，属于蓝藻防控技术。包括：若干组加压装置，被设置为对河水进行加压处理，使河水内的蓝藻群体受压破裂呈小群体或者单个细胞；搅拌装置，其输入口连接于所述加压装置的输出口；所述搅拌装置对加压处理过的河水做打散处理，在指定试剂的作用下，使小群体或者单个细胞是失去活性。通过水柱产生的静水压力将蓝藻群体分成小群体或单个细胞，在清除水体表面水华的同时将蓝藻囊团打散，破坏表层粘液、胶质鞘及其气囊结构，使其失去活性，无法聚集在水体表面。