本发明公开了一种复杂网络中社区个数估计方法，该方法包括如下步骤：给服务器输入网络数据D用于社区个数估计；服务器对网络数据D采用第一算法进行网络嵌入，然后使用第二算法将网络嵌入聚成指定数量的类簇，重复对网络嵌入采用本步骤n次，以得到社区数为1到n为序列号的一系列社区划分h；计算任意两个相邻社区之间的平均互信息，并最终获得平均互信息I的结果列表；计算得到对应社区划分的所有信息熵E的结果列表；根据公式计算社区个数K即可。本发明具有能够通过计算最大平均互信息与最小信息熵的差值来确定复杂网络中包含的社区个数，本发明能够有效提高社区个数估计的准确度。