本发明属于铁屑分离技术领域，并具体公开了一种高压水射流钢轨打磨铁屑分离系统及方法。系统包括铁屑初筛装置、铁屑细分装置以及磨料分离装置，铁屑初筛装置包括电磁滚筒模块，用于吸附磨料废液中的铁屑，铁屑细分装置包括电磁铁屑细分模块、第一转动连杆模块以及铁屑收集桶，用于完成对铁屑的细分和回收，磨料分离装置包括磨料滤网模块、第二转动连杆模块以及磨料收集桶，用于分离磨料和废液，并回收磨料。所述方法每次通入一次磨料废液，即进行一次初筛和细分，以提高铁屑的收集率。本发明通过电磁原理吸附铁屑，通过电磁滚筒的初筛和电磁滤网的细分，有效去除了钢轨打磨废液中的铁屑，避免了铁屑通过循环系统进入高压泵导致的管路故障。