本发明公开了一种蛋白质生物菌饲料生产系统，包括机箱，机箱内开设有混合腔，混合腔的上侧开设有运输腔，运输腔内设有运输皮带，运输腔与混合腔内插入有粉碎箱，粉碎箱的轴心处转动连接有主轴，主轴的左右两侧均设有转向相反的从轴，运输腔内设有摆箱，混合腔内固设有两个左右对称的固定板，两个固定板上均分布有喷淋器，机箱内设有那个前后滑动的收集箱，收集箱那个取出至机箱的外侧，通过粉碎电机的工作功率随时间变化，粉碎电机处于高功率档位进行物料的粉碎与混合，随后进入低功率档位使物料在下方记性精磨工作，如此循环往复，防止物料因粉碎过快而导致物料无法充分与带有生物菌株的溶液混合，同时提高物料的粉碎精度，防止发生结块。