本发明公开了八色系统检测60个人Y‑STR和Y‑Indel基因座复合扩增试剂盒及应用，所述试剂盒包括60个基因座的特异性扩增引物，其中基因座为：DYS392、DYS389I/II、DYS19、DYS438、DYS587、DYS596、DYS522、DYS549、DYS456、DYS447、DYS448、DYS627、DYS508、DYS443、DYS437、DYS446、DYS533、DYS390、DYS385a/b、DYF387S1a/b、DYS622、DYS391、DYS393、Y_GATA_H4、DYS439、DYS630、DYS444、DYS643、DYS527a/b、DYS510、rs199815934、DYS576、DYS458、DYS570、DYS552、DYS518、DYS645、DYF404S1a/b、DYS459a/b、Y_GATA_A10、DYS635、DYS713、DYS460、DYS449、DYS557、DYS531、DYS617、DYS526a/b、DYS481、DYS593、DYS388、DYS520、DYS626。优点为：(1)多出2色荧光通道及合理的基因座排布设计，显著降低基因座越界风险；(2)突破性地同步检测60个基因座，与同类产品相比检测同量样本时可获取更多遗传信息；(3)父系亲缘关系鉴定中，当Y‑STR因突变造成分型不一致时，稳定遗传的Y‑Indel可为亲权关系鉴定辅助性工具。