本发明公开了一种牲畜自动装车系统，该系统包括牲畜等待间、电动输送机、输送带、侧面保护板、同步移动升降挡板、升降挡板、牲畜等待间自动升降门、牲畜运输车、对接板、自动控制箱；所述电动输送机和输送带安装在牲畜等待间的底部，由电动输送机带动输送带运动，同步移动升降挡板连接在输送带上，由输送带带动同步移动升降挡板一起运动；牲畜等待间具有升降挡板和牲畜等待间自动升降门，且升降挡板和牲畜等待间自动升降门设置在与牲畜运输车对应的前侧面；该系统采用自动输送方式，输送效率高，节约人员，节约时间，真正做到无人接触，牲畜应急小，下游客户接受度高，带来的经济效益显著。