本发明公开了一种荧光定量PCR检测双壳贝类源性成分的方法，首先称取样品，对样品进行DNA提取，并通过引物进行PCR扩增，再将扩增后的产物进行琼脂糖凝胶电泳得到电泳条带，将目的条带切割回收送测序公司测序，测序结果输入NCBI网站进行BLAST比对，得到物种信息和相关目的基因序列，将每个双壳贝类的目的基因序列下载，利用DNAMAN软件进行比对得到已获得贝类品种的相同基因序列，针对上述目的序列设计引物和Taqman探针，送公司合成引物和探针，利用市售贝类样品进行引物探针验证，双壳贝类可检出。本发明对样品进行DNA提取，利用特异性引物探针进行实时荧光定量PCR扩增，根据扩增曲线和CT值判定样品中是否含有双壳贝类成分，能够有效对食品中的贝类成分进行种类检测。