本发明公开了一种自适应抗灵巧与欺骗类信号干扰的方法及系统，涉及通信对抗技术领域，其技术方案要点是：采集注册设备的射频信号，并依据注册设备的射频信号建立设备指纹库和聚类模型；对待识别设备的电子信号进行识别：若待识别设备为注册设备，则依据设备指纹库对待识别设备进行射频指纹对比认证；若待识别设备为未注册设备，则依据聚类模型和更改密钥口令对待识别设备进行双重认证。本发明对于注册设备，首先通过设备的模拟电路的物理细微差异性，即使在密钥破解的情况下，也能进行身份认证；对于未注册的设备，利用聚类模型与信息加密，实现新加入设备的双重身份认证；本发明在通信对抗自主抗灵巧、欺骗类干扰中具备广泛的适用性。