本发明提供了一种用复合填料系统降低苯甲酸苄酯中酸值和色度的方法，将苯甲酸苄酯从复合填料系统上部的进料口流入，依次经过复合填料系统的除酸单元、脱色单元和吸附单元后，从系统底部的出料口流出。其中，除酸单元、脱色单元和吸附单元的下方皆设置取样端口和循环组件，循环组件将经取样端口测得的仍不合格的苯甲酸苄酯重新输入相应的单元循环处理，直至得到酸值、色度和纯度皆合格的苯甲酸苄酯。本发明采用分段循环的方式，避免因苯甲酸苄酯某一指标不合格而重新过整个复合填料系统，缩短了工艺时间；且该工艺在常温下进行，克服了传统工艺加热导致苯甲酸苄酯再次分解的缺陷，工艺简单易实现、成本低，污染物产生少，具有绿色环保的优点。