本发明提供了一种疏水性二氧化硅气凝胶粉的制备方法，包括配置聚合形态二氧化硅溶胶、水解硅氧烷溶胶；将水解硅氧烷溶胶和碱催化剂依次加入预设粘度范围的聚合形态二氧化硅溶胶中，对聚合形态二氧化硅溶胶进行第一次疏水改性获得二氧化硅凝胶颗粒；对二氧化硅凝胶颗粒老化处理；采用湿法球磨方法，通过疏水改性剂进行第二次疏水改性，获得预设粒径范围内二氧化硅细凝胶颗粒分散液；过滤获得二氧化硅细凝胶颗粒，并用置换溶剂进行置换反应，抽滤获得疏水性二氧化硅湿凝胶颗粒；常压干燥获得疏水性二氧化硅气凝胶粉。本发明提供的制备方法的产品周期短、产品粒径可控、产品的疏水性较好，且制备过程可控能够适用于大规模产业化应用。