本发明涉及一种非标零件精密端面磨削系统、磨削方法及存储介质，系统包括机床、第一感知器件和第二感知器件，第一感知器件用于确定零件的目标磨削尺寸，第二感知器件用于确定初始尺寸以及磨削后的尺寸，机床用于承载零件，以及接收并根据处理装置发送的待磨削尺寸对零件的端面进行磨削，待磨削尺寸是由处理装置根据目标磨削尺寸、初始尺寸和磨削后的尺寸确定的。本发明利用第一感知器件自动感知零件的目标磨削尺寸，可以提高测量精度和测量效率。还利用第二感知器件自动确定初始尺寸和磨削后的尺寸，无需人工输入，可以提高磨削效率，减少人为失误，降低人工成本。基于目标磨削尺寸和磨削后的尺寸对磨削精度进行补偿，可以提高磨削精度。