本发明提供一种全自动菌包接种生产线，包括全自动下架机构、定位传输机构和接种机构；全自动下架机构包括机架、设置在机架上的升降平台以及设置在升降平台上的物料传输线和抓取组件，物料传输线包括水平传输线以及铰接于水平传输线末端的随动传输线；抓取组件用于抓取物料架上的菌包并置于水平传输线上。定位传输机构包括过渡输送线、工位步进线、过渡取放组件和旋转定位组件；随动传输线连接过渡输送线，过渡取放组件将过渡输送线上的菌包依次放入工位步进线的限制工位上；旋转定位组件用于定位菌包透气孔的朝向；接种机构位于工位步进线的后端，以接收工位步进线输出的菌包，并进行打孔和接种。如此，实现菌包自动接种操作。