本发明提供一种全自动下架机构和菌包的全自动下架方法，全自动下架机构包括机架、设置在机架上的升降平台以及设置在升降平台上的物料传输线和抓取组件，所述物料传输线包括沿Y轴方向延伸的水平传输线以及铰接于水平传输线末端的随动传输线；所述抓取组件可在升降平台上沿Y轴方向滑动；所述抓取组件包括图像采集器和至少一组抓取单元，所述图像采集器用于采集货架上的菌包；所述抓取单元包括能够在X轴方向伸缩的第一伸缩驱动臂和第二伸缩驱动臂，所述第一伸缩驱动臂的端部设置有侧向设置的第一吸盘；所述第二伸缩驱动臂上设置有朝下设置的第二吸盘。能够实现菌包的全自动下架操作。