本发明属于有机膜材料技术领域，具体为一种耐污耐氯双功能化聚酰胺复合反渗透膜及其制备方法，该聚酰胺复合反渗透膜包括多孔超滤膜支撑层、三元聚酰胺分离层和表面修饰层。其中，表面修饰层同时含有耐污基团和耐氯基团，且二者通过共价键连接；三元聚酰胺分离层由芳香族多元酰氯、芳香族多元胺、有机偶联剂界面聚合而成，有机偶联剂的氨基一侧参与界面聚合反应与芳香聚酰胺骨架共价连接，不饱和烷烃一侧与表面修饰层中的耐氯基团共价连接，从而将分离层与表面修饰层连接在一起，并增加了聚酰胺分离层表面可供修饰的活性位点数目。表面修饰层中的两性离子和硫醚基团分别发挥耐污和耐氯作用，有效保障了聚酰胺复合反渗透膜在运行过程中的稳定性。