本发明涉及水资源利用效率计算系统及计算方法，该系统包括：卫星影像显示模块、变量筛选模块、相对效率计算模块、绝对效率计算模块、可视化显示模块；其中，卫星影像显示模块，用于对卫星获取的影像信息进行显示；变量筛选模块，用于较多计算指标的选取，确定相关性好的变量组合；相对效率计算模块，用于计算项目的水资源利用相对效率，使用变量筛选模块所选取的变量指标进行水资源利用相对效率的计算；绝对效率计算模块，用于计算项目的水资料利用绝对效率；可视化显示模块，用于对相对效率计算模块、绝对效率计算模块计算的结果进行可视化显示，该系统的提供能够使水资源利用效率计算与水资源利用技术之间的交互更方便。