本发明公开了一种含氮磷氟酸性废水的处理方法，按以下流程进行：在循环处理系统内，将废水与石灰进行预反应，生成氟磷酸钙沉淀以除氟和磷，再与石灰和氧化镁进行一次反应，生成磷酸铵镁沉淀以除铵，接着进行膜处理，最终滤液达标排放，膜处理后母液返回进行预反应或一次反应，从而形成循环处理流程；当循环处理系统内杂质浓度升高至处理压力达到膜设备最高使用条件时，停止膜处理，预反应不变，用氢氧化钠代替石灰进行开式一次反应，再进行二次反应，后续吹除氨气后，再调节pH后过滤达标排放，形成开式处理流程；当循环处理系统内待处理液体被全部置换一遍后，停止开式处理流程，再次启动循环处理流程。本发明减少处理物料消耗，降低成本。