本发明涉及有机肥料的生产工艺，更具体地说，涉及一种富硒氨基酸有机肥生产工艺，包括如下步骤：原料发酵：原料投入发酵槽中，加入复合菌进行发酵；原料前处理：将发酵后的原料分别加入粉碎机中粉碎，随后输送至筛选机中筛选；配料：经原料前处理后的原料输送至配料机中进行配料，获得混合料；造粒：混合料通过输送带输送至造粒机中造粒；烘干：造粒后的混合料采用列管喷气式低温烘干机进行干燥，风干冷却后，获得富硒氨基酸有机肥。本发明通过低温烘干有效地保护了菌种成活率和活性，极大地提升了富硒氨基酸有机肥的品质和使用效果。