本发明公开了一种适用于养殖工船的养殖水舱水面污物清除系统及方法，旨在解决常规的污物人工打捞方式不仅效率低下，而且工作风险高的问题；包括：浮体、软管、软管快速接头、控制阀门、排出管和防浪阀，浮体的底部设有与软管相匹配的软管接口，软管的一端与浮体接口连接，软管的另一端软管快速接头连接，控制阀门与软管快速接头相对安装，排出管的一端与控制阀门连接，排出管的另一端与防浪阀连接，防浪阀的输入端与排出管连接，防浪阀的输出端与船体外部连通。本发明由浮体收集污物，浮体与软管的组合使得排污更加灵活，软管快速接头使维护更加便利，控制阀门对排污过程进行有效的控制，防浪阀阻止舷外的水进入边舱，保障船舶运行安全。