本发明公开了一种WEB数据流转追踪系统及方法，包括URL行为采集模块、URL文件关联模块、网络访问时效模块、数据标记模块、数字向量化模块、数据流转分析模块和威胁分析模块，所述URL行为采集模块的输出端分别控制连接URL文件关联模块和网络访问时效模块的输入端，本发明，通过威胁分析模块分析脚本文件的威胁程度值，降低了系统的威胁误报率，提高了系统的工作可靠性，通过流转状况模块便于定位异常的脚本文件，无需进行特征扫描查找，从而降低了查找识别威胁脚本文件的难度，提高了系统的实用性，通过威胁输出模块识别URL和文件之间非正常访问的URL地址和文件信息，便于对感染的脚本文件进行源头追踪，消除系统的安全隐患，提高了系统的安全性。