本发明介绍一种柔性牵引供电系统的稳定运行控制方法，其包括：S1、首先选择一座柔性牵引变压器为主所，将其连接至牵引网；S2、选择其他柔性牵引变压器作为从所，通过相位同步模块实现从所对牵引网侧的相位同步跟踪，保证其能稳定接入牵引网；S3、设置功率控制模块，获取电压参考值u_sref；S4、控制柔性牵引变压器稳定输出；S5、设置功率协调控制模块，实现牵引网侧的网压随列车运行状况适当增大或减小每座柔性牵引变压器的出力情况。本发明保证了柔性牵引变压器的输出电压可控，满足柔性牵引供电系统贯通供电要求，实现全线贯通牵引供电；同时使柔性牵引供电系统牵引网侧的损耗保持在较小水平，保证所述柔性牵引供电系统能在任一柔性牵引变压器解网后的系统的稳定运行。