本发明介绍了一种柔性牵引供电系统的并网控制方法，其包括如下步骤：步骤S1、保留既有牵引供电系统中其中一个既有牵引变压器的一条供电臂不变，另一条供电臂退出系统；步骤S2、供电单元其余变压器替换为柔性牵引变压器；步骤S3、以既有牵引变压器供电臂的输出电压信号作为同步信号，采集经过外加电抗以及牵引网阻抗后的输出电压，作为其余多个柔性牵引变压器的并网参考电压，进而实现并网运行；步骤S4、对柔性牵引变压器的输出进行控制，实现柔性牵引供电系统的稳定运行。本申请对处于不同运行工况下的供电系统以及各柔性牵引变电所，根据合理功率分配策略，调整出力情况，进而保证了系统安全、稳定、高效的运行，实现长距离贯通柔性牵引供电。