本发明提出了一种运动状态下心率计算方法、系统及计算机存储介质。该方法为：采集心电信号，实时同步截取时长为t的数据，对其进行预处理后得到心电信号数据；对预处理后的心电信号数据进行膨胀运算、粗粒化，得到类正弦心率信号；对类正弦心率信号进行傅里叶变换，得到频谱；于频谱中寻找到峰值频率，根据峰值频率计算心率和峰值频率能量占比；若该占比大于设定值，则输出心率；若该占比小于设定值，计算当前心率与上一次心率计算结果之间的差值，若差值小于α，则输出心率；若差值大于α，则对频谱以峰值频率为中心进行抑制，将抑制后的频谱信号作为新的频谱重新执行该步骤，直至达到心率输出标准或迭代次数达到预设次数后，输出当前心率。本方法提高了心率检测的准确性。