本发明属于生物化学技术领域，本发明提供了一种确认蛋白质与核酸适配体结合时的关键精氨基酸残基位点的方法，包括如下步骤：比对未突变蛋白与核酸适配体结合后的二维核磁共振谱图数据和单个精氨酸位点突变为赖氨酸的突变蛋白与核酸适配体结合后的二维核磁共振谱图数据；若单个精氨酸位点突变为赖氨酸的突变蛋白与核酸适配体结合后的二维核磁共振谱图中有80ppm‑90ppm范围内单信号消失或多信号消失，对应的精氨酸位点为关键精氨基酸残基结合位点。采用本发明的方法无需对蛋白质进行三维核磁谱图指认分析，省去大量繁琐的分析过程，快速准确找到蛋白质和核酸适配体的关键氨基酸残基。