本发明公开一种基于三维层析成像的藻礁白云岩判别与物性分析方法，首先对植物藻礁属种判识，确保分析观察全面；然后基于三维层析成像CT扫描仪扫描分析岩心内部生物类型、分布特征与结构构造，确认生物化石形成生物骨架，并描述其特征；据此分析分类确定骨架结构构造，根据骨架结构构造特征命名岩石类型；然后利用三维层析成像直观透视扫描数据，重建CT图像；最后利用扫描数据进行分析处理，计算岩心样品的孔隙度、面孔率等物性参数，完成对植物藻礁判别物性分析。本方案基于三维成像技术对植物藻礁进行分析和判断，通过特定分析方法，直观判断岩心内部古生物化石骨架特征，对于植物藻礁的判别分析以及油气储层地质评价具有重要意义。