本发明公开了一种生物矿化处理含铜废水方案的确定方法及该废水处理方法，该确定方法包括步骤一、细菌活化；步骤二、冷冻保存；步骤三、传代培养；步骤四、确定处理条件，具体包括：按照预设组别，将传代培养后菌液加入所述含铜废水中，处理48h，处理过程中按照预设时间点测量体系脲酶活性、pH和铜离子浓度，确定处理方案；所述脲酶由巴氏芽孢八叠球菌产出；所述预设组别的设置方法包括：按照铜离子浓度将含铜废水分为多组，每组含铜废水均包括多个试样，以菌液占比为因素，菌液占比包括多个水平。该方法可有效准确获得高效处理铜污染废水的处理方案，可有效应用于指导含重金属废水处理工艺过程。