本发明公开一种基于马赛克水下胶结堆石的单桩基础防冲刷施工方法，包括以下步骤：步骤一：确定浇筑施工的范围；步骤二：将浇筑施工的范围分成多个圆形区域，多个圆形区域形成马赛克区域，将圆形区域的圆心确定为预定浇注点；步骤三：计算水下胶结料的单次浇注量，并制备水下胶结料；步骤四：在预定浇注点浇注水下胶结料，完成单点浇筑；步骤五：重复步骤四，直至所有的预定浇注点全部浇筑完成。本发明施工方法适合修复已被破坏的护底结构体及海上建筑物基础周围冲刷坑，可以有效的防止和缓解后续的冲刷破坏。