本发明公开了一种硒素强化丛枝菌根降低土壤复合污染残留的方法，包括：以河沙、泥炭和珍珠岩为基质材料，添加尿素和过磷酸钙作为底肥并搅拌均匀；在所得混合基质中添加丛枝菌根真菌菌剂，拌匀，播种三叶草种子，加水保持基质湿润，出芽后移至光照培养，去掉三叶草地上部，保留根段并剪碎，与含有丛枝菌根真菌孢子、根外菌丝的基质混匀，即制得丛枝菌根真菌扩繁菌剂；将制得的丛枝菌根真菌扩繁菌剂播撒复合污染农田表面，然后喷施硒肥，深翻，两天后播种绿肥植物；借助耕耘机械将绿肥植物与表层土一起掩埋至土壤深层中。本发明能有效解决农田长期使用除草剂、杀虫剂、化学肥料、污水灌溉等带来的重金属、有机磷、有机氯等农田复合污染问题。